Για δεύτερη φορά μέσα σε πέντε χρόνια η one-off Huayra Pearl ενεπλάκη σε ατύχημα, με αποτέλεσμα να πρέπει να σταλθεί ξανά στις εγκαταστάσεις της Pagani στην Ιταλία για να επισκευαστεί.
Το καλοκαίρι του 2016, σε ατύχημα σε έναν δρόμο του Παρισιού, είχε υποστεί σοβαρές ζημιές στο πίσω αριστερό μέρος, με την Pagani να ολοκληρώνει τις εργασίες επισκευής τον Μάρτιο του 2017.
Παραμονή Χριστουγέννων το ιταλικό supercar έπεσε στο πίσω μέρος μιας Porsche Cayman σε έναν δρόμο στη Τζέντα της Σαουδικής Αραβίας. Αυτή τη φορά οι ζημιές είναι μικρότερες και περιορίζονται στο μπροστινό μέρος.
Η Pagani Huayra Pearl ξεχωρίζει από την διπλή πίσω αεροτομή, παρόμοια με αυτή της Zonda S, ενώ φέρει εισαγωγή αέρα στην οροφή και μεγάλο splitter. To carbon σώμα της είναι βαμμένο σε μπλε χρώμα και στο εσωτερικό υπάρχουν λευκές δερμάτινες επενδύσεις με μπλε ραφές και μπλε carbon διακοσμητικά.