Μια πολύ ενδιαφέρουσα ιστορία έβγαλε στη δημοσιότητα ο Raj Nair, ο επικεφαλής της Ford σε ότι έχει να κάνει με την παγκόσμια ανάπτυξη των προϊόντων της Μπλε Οβάλ εταιρίας. Στο περιθώριο του συνεδρίου SAE International WCX, ο Nair είπε πως το νέο GT σχεδιάστηκε και αναπτύχθηκε απόρρητα, χωρίς καμία γνώση ή την έγκριση από τους υψηλά ιστάμενους της Ford, ως μια απάντηση των μηχανικών στην ακύρωση του project για την αγωνιστική Mustang που θα έτρεχε για λογαριασμό της Ford στο Le Mans.
O Nair είπε πως “ήταν πολύ θυμωμένος” όταν τα διευθυντικά στελέχη της Ford απέρριψαν την πρότασή τους για μια αγωνιστική Mustang για το Le Mans. Πρόκειται για το Project Silver, όπως ήταν η κωδική του ονομασία, που δεν ήταν τίποτα άλλο από μια αγωνιστική S550 Mustang προκειμένου να τρέξει στη κατηγορία GTE PRO στο Le Mans. Η Ford απέρριψε το Project Silver λόγω κόστους, μιας και σύμφωνα με υπολογισμούς, απαιτούνταν 250.000 δολάρια ανά αγώνα. Επίσης τα στελέχη της Ford δεν ένοιωθαν πως το Le Mans ταίριαζε στη πελατειακή βάση της Mustang.
Έτσι ο Nair και οι μηχανικοί του επικεντρώθηκαν στα 50στα γενέθλια από τότε που το GT40 κέρδισε την Ferrari στον αγώνα του Le Mans το 1966. Έγινε επαναστάτης και χωρίς να ενημερώσει κανέναν υψηλά ιστάμενο του, ξεκίνησε με μια μικρή ομάδα μηχανικών να σχεδιάζουν μυστικά στο υπόγειο του Product Development Center, γνωστό και ως PDC, ένα τεράστιο κτήριο στα κεντρικά της Ford στο Dearborn, το νέο GT. Στην συγκεκριμένη αίθουσα είχαν πρόσβαση ελάχιστα άτομα, τα οποία όλα είχαν υπογράψει συμφωνητικά να μην διαρρεύσουν τίποτα και σε κανέναν -από άλλους υπαλλήλους της Ford, φυσικά και στον Τύπο.
Η κωδική ονομασία του νέου GT ήταν Project Phoenix, έχοντας και συμβολική σημασία, μιας και δηλώνει πως το νέο αυτοκίνητο αναγεννιέται από τις στάχτες του αποτυχημένου προγράμματος της Mustang. Η Ford ανέπτυξε παράλληλα τόσο την έκδοση δρόμου, όσο και την αγωνιστική έκδοση για το Le Mans, με το αυτοκίνητο να καταφέρνει να κερδίζει τον διασημότερο 24ωρο αγώνας αντοχής το 2016.