Το 1991, το Volkswagen Group πρακτικά έσωσε την Skoda από το κλείσιμο, όταν απέκτησε ένα μέρος του μετοχικού της κεφαλαίου, για να την εξαγοράσει το 2000, όπου και έγινε θυγατρική της.

Στις αρχές του της δεκαετίας του ’90, είχε στον στόλο της τρία μοντέλα, τα οποία ήταν ικανά να πουλούν 172.074 αυτοκίνητα ετησίως. Το πρώτο αυτοκίνητο που είχε την υπογραφή της γερμανικής εταιρίας ήταν το Felicia, που κυκλοφόρησε το 1994, και στην ουσία αποτελούσε μια αναβαθμισμένη έκδοση του Favorit.

Δύο χρόνια αργότερα, το 1996, παρουσιάστηκε η πρώτη γενιά της Octavia, η οποία χρησιμοποιούσε μέρη της τέταρτης γενιάς του Golf. Η Octavia ήταν στην ουσία το πρώτο μοντέλο της τσέχικης εταιρίας που εξελίχθηκε από το μηδέν και με την βοήθεια VW.

Σήμερα, η εταιρία έχει βρει την ταυτότητα της, πουλάει αυτοκίνητα παγκοσμίως, έχοντας μια γκάμα 15 μοντέλων, με το 2016 να παραδίδει 1,1 εκατ. οχήματα. Στην κορυφή των πωλήσεων βρίσκεται η Octavia, αποτελώντας το best-seller μοντέλο της, έχοντας παραδώσει 5,6 εκατ. μονάδες. Στη δεύτερη θέση έρχεται η Fabia, με 4 εκατ. μονάδες, για να ακολουθήσει το Felicia με 1,4 εκατ. μονάδες, και το Superb με 1,02 εκατ. μονάδες, και συνολικά, έχει καταφέρει να πουλήσει 15 εκατ. μονάδες, υπό την ομπρέλα της VW.